Selepas berminggu-minggu, kesihatan Macdonald telah mula terjejas. Walau bagaimanapun, pada lewat Mei, Macdonald telah dihidap penyakit strok. Namun, rumahnya yang di Ottawa telah didiami ramai orang kerana ingin menziarahinya, dan ramai doktor ke bilik sakit Macdonald. Selepas nazak beberapa hari, pada petang Sabtu, tanggal 6 Jun 1891, beliau telah meninggal dunia. Mayat beliau diangkat ke kampung lamanya iaitu di Kingston. Yang banyak kenderaan berhenti di situ. Kemudian jasa Macdonald telah dihargai di Dewan Bandar. Beliau telah disemadikan di Tanah Perkuburan Cataraqui di Kingston, bersebelahan dengan isterinya iaitu Isabella.[37]